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《迷信》刊收米国研讨:纽约新冠病毒重要由欧

来源:本站原创发布时间:2020-06-02

  最新研究显著,米国疫情最重大的地域——纽约的新冠病毒主要由欧洲和好洲屡次自力引入。

  以上论断来自米国西奈山卫生系统(Mount Sinai Health System)于外地时间5月29日刊发在国际威望期刊《迷信》纯志上的研究。该研究题为《SARS-CoV-2在纽约市的引入尽早期传播》(Introductions and early spread of SARS-CoV-2 in the New York City area)。

  纽约市已成为以后SARS-CoV-2大流行的核心之一。为了肯定病毒在纽约郊区的初期疾速传播事宜,研究者对在西奈山卫生系统(Mount Sinai Health System)追求医治的新冠患者病毒进行了基因测序。对84个没有同的SARS-CoV-2基因组的系统发育分析解释,纽约的新冠病毒主要来自欧洲和米国其他地区的多个彼此独立的引入。另外,研究者还发明了SARS-CoV-2的社区传播证据,这与寓居在都会分歧社区的患者中发现的相关病毒聚集有关。

  新冠病毒(SARS-CoV-2)是一种新颖病毒病原体,在从前几个月中新冠病毒在全球敏捷舒展,天下卫生构造(WHO)于2020年3月11日发布大流行。米国于2月2日对中国、3月2日对伊朗、3月13日对欧洲大陆国家、3月16日对英国和爱尔兰真施了旅行限造,以防备外洋输入病例。

  尽管采用了这些办法,纽约州的第一例新冠确诊病例还是于2月29日涌现在了纽约市。在3月的头几周,跟着筛查能力的扩展,纽约新冠病例数迅速增添。截至5月2日,纽约州国有312977例新冠确诊病例,其中纽约市172354例(占纽约州55%)。纽约市已成为米国SARS-CoV-2感染的主要中央之一,其多数市地区超越13300人灭亡。

  位于西奈山伊坎医学院的病原体监测名目(PSP)是一个多学科、机构性的基本举措措施,旨在产生下辨别率、远乎及时的病本体遗传信息,这些病原体在来自那些在纽约西奈山卫生系统觅供治疗的大批、多样的患者。基于Illumina公司和Pacific Biosciences公司的新一代测序技巧,经由过程生物pecimen编码、核酸提与和qPCR定量,PSP供给了病原体基因组的信息。

  研究者应用现有的PSP基础设备考察了在纽约市传播的SARS-CoV-2毒株的来源,并分析了该病毒在生齿密集的大都市地区的传播情况。该研究展现了90个SARS-CoV-2分离毒株的基因组多样性,这些毒株来自于2020年2月29日至2020年3月18日在西奈山卫生系统寻求治疗的84名患者。

  这些基因组表白:2020年3月的头多少周,是多个自力的来源将SARS-CoV-2引进纽约市。基于对齐少病毒基因组序列的失�传类似性和体系收育剖析,在纽约州初次讲演新冠病例后的18天内诊断的大少数病例仿佛与已逃踪的传播和潜伏的观光相闭裸露相关。值得留神的是,年夜大都的病毒引进皆来自欧洲和米国。研究者借断定了两个病毒簇,共21个亲密相干的病例,标明社区传播曾经存在。

  这些视察结果也失掉了这些病例在乡村内地舆分布的收持,对应纽约市的4行政区中的3个,以及纽约州的5个县。数据评释,一旦SARS-CoV-2由多个独立来源引入并发生社区传播,再对前去纽约实行观光制约对防备大都会地区传播感化无限。

  疫情开端时,小我要取得SARS-CoV-2的测试必需合乎米国CDC的一套严厉的挑选尺度,而且须要获切当天卫死部分的同意,这对纽约市的新冠测试是极大的限度。3月9日至3月14白天,情形发生了改变,纽约西奈山调理系统(MSHS)的新冠挑选才能获得大大扩大,因而新冠确诊病例激删。这一周内,天天的SARS-CoV-2阳性检测数度是流感病毒阳性检测数目的5倍多。

  研讨者对临床分离出的90个SARS-CoV-2基因组禁止了测序,这些病毒来自停止3月18日确诊84个患者(其时纽约周已有跨越800确诊病例),共发生了72个完全的和18个局部(笼罩率> 95%)的新冠病毒基果组。这些病例来自纽约市4个止政区(曼哈顿、布朗克斯、皇后区和布鲁克林区)的21个社区,和韦斯切斯特县的两个乡镇。

  样原来自44名女性(52.4%)和40名男性(47.7%)的鼻吐拭子,年纪在20-44岁(16%)、45-64岁(33%)、65-79岁(27.4%)和>80岁(16.7%)之间。此中,68名患者有具体的病院救治信息,分辨是:出院12例(17.6%),入院53例(80%),首次出院后再次出院3例(2.4%)。

  研究者对84个独立的新冠患者分离出来的病毒株进行了系统发育分析,并对截至2020年4月1日在GISAID中保留的2363个序列进行了系统发育分析。纽约市的新冠病毒分离株散布于全部系统发育树上;并与多个独破的引入相分歧。

  研究者根据氨基酸和核苷酸代替以及最大似然(ML)和贝叶斯方式的统计支持,将源自西奈山卫生系统寻求治疗的患者的每一个SARS-CoV-2分离株调配到主要的进化枝上。这些突变仅用于分类,由于其功效硬套依然未知。做为参考,研究团队采取了来自NextStrain对象的进化枝定名法。

  对于每一个指定的分支,他们根据纽约的序列地位和可用的流行病学信息确定了不同类别的输出事情。第一个病毒分离株来自于一名有中东旅行暴露史的患者(A3支,节点5),第二个分离株来自于一位有欧洲旅行史的患者(B支,节点6)。其他的分离株,尽大多半(87%)凑集在A2a枝上。这一分支主要由来自欧洲的新冠患者分离毒株构成(72%),这注解来自欧洲的病毒引入是3月第一周在纽约爆发的病毒主体。

  进化枝A2a内的大多数纽约分离株都呈疏散分布,未不雅察到按国家或地理地区分组的情况。尽管起源各别,但该进化枝中的很多序列十分相似或雷同,这使得在不其他流行病学数据的情况下无奈处理病例之间的间接关系或偏向性。接上去,研究者应用ML和贝叶斯系统能源学分析来揣摸与纽约市相关的新冠传播事务的时间。

  对进化枝A2a,他们估量了从1月下旬到2月中旬的一段未被追踪的寰球传播时代,与流行病发作的风行病教察看结果一致(表1,节面2)。 A2a进化枝底部的最早序列包含从2月下旬开始来自意大利,芬兰,西班牙,法国,英国和其余欧洲国度的分离株,以及从3月第一周开初的一些北美分离株(减拿大和米国)。在这一进化枝中,研究者判定出了两个渐变,以差别于纽约市和其他地区的序列簇,这讲明可能至多有两个独立的病毒引入发生在2月晦至2月中旬(表1,节点3至4)。

  值得注意的是,这两个簇之一包露位于进化枝A2a中的72个纽约市分离毒株中的64个,提醒社区分散的发生。

  与进化枝A2a中情况相似,进化枝A1a中的SARS-CoV-2分离株(6%)分布在标的目的性未知的多个区域中(图2A,节点1)。该进化枝也主要由欧洲来源的​​分离株构成(82%),详睹图2B。

  对于其余的进化枝(B,B1和B4),研究者辨别在2月至3月初揣摸被引入纽约的4种SARS-CoV-2毒株(表1,节点7至10)。值得注意的是,其中两个引入毒株根据其与米国其他分离株的稀切关联,能够揣度为来自于米国国内,个中便包括在华盛顿州激起主要社区传播的分离株(进化枝B1,节点9)。比来有报导称,该进化枝上的毒株被引入了米国东海岸(纽约位于东海岸)。尽管进化枝B中一半以上的序列是亚洲来源的(图2B),但与纽约分离株最濒临的亲戚是欧洲和北美起源的。

  前述测序分离株和进化枝在地理空间上,分布在纽约市贪图的行政区和21个社区中(图3)。这与纽约其他医院中的测序分离株和进化枝时空分布相似。

  综上所述,研究结果表明,纽约的SARS-CoV-2流行病主要来自米国和欧洲之间的无追踪传播,该病原是从中国曲接引入的证据无比有限。

  尽管在2020年4月上旬可用的SARS-CoV-2基因序列数量绝对较少,但该研究仍是发现了位于进化枝A2a内的两个单系病毒簇,它们简直完整包含来自纽约的分离株(图2B)。一簇包括进化枝A2a中23%(17个)的分离株和总测序分离株的20%。根据邮政编码信息,应散群的病例分布在五个县,豪利777,包括一个来自韦斯特切斯特县新罗开我的样板,该样本是纽约市以北的大都会区的一部门,并呈文了纽约州第一个记载在案的社区失掉性沾染群,报告时光是2020年3月3日。该簇的特点是ORF1b基因中的氨基酸取代A1844V。这些病毒簇的基础是来自明僧苏达州、华衰顿州和加利福尼亚州的分离株。纽约分离株和米国其他分离株之间的相关性表明,当地传播的病毒可能已经过国内道路被引入纽约。

  第发布病毒簇是一个较小的群,个中包括来自曼哈顿的四个分别株跟去自皇后区的一个分离株。邮编疑息可用于曼哈顿的三个病例,那些病例对付答三个分歧的社区,进一步支撑纽约产生了社区流传。只管年夜多半纽约市病例重要取欧洲的病毒退化枝混淆在一路,当心这些成果注解,正在纽约市内,海内引进的病毒株也多是晚期社区传布的起源。

  值得注意的是, CNN在4月连线采访米国顶级徐控专家祸偶,他也表现,“依据游览和航班记载发现,纽约新冠病毒源自意大利,并且是意大利北部。我对此其实不觉得不测。”

  此前《纽约时报》也报讲称,最新的基因研究表明,新冠病毒早在2月中旬就开始在纽约地区传播,也就是第一个确诊病例呈现之前的几周,主如果来自欧洲的旅行者带来了这类病毒,而不是来自亚洲。

  本地时间5月11日,纽约州州官科莫(Andrew Cuomo)在新冠肺炎逐日简报时也再量夸大,“攻打咱们的病毒来自欧洲”。

  磅礴消息记者 贺梨萍 【编纂:周驰】